沙門氏菌流行性的增加以及豬對抗生素耐藥性增加促使人們尋找抗生素的替代品。腸桿菌肽(MccJ25)是一種由大腸桿菌產生的抗菌肽，對包括腸道沙門氏菌在內的幾種病原菌都有很強的抑制作用。
本研究旨在體外評價腸桿菌肽對豬結腸微生物區系組成和代謝活性的影響。以天然存在于人和動物的胃腸道中的羅伊氏乳桿菌與抗生素利福平進行對比試驗。使用Illumina MiSeq技術對16S rRNA進行測序以評估微生物多樣性，并使用液-質聯用(LC-MS)和多元分析來評估抗生素降解產物和監測豬結腸微生物區系代謝組的變化。
結果表明，腸桿菌肽和羅伊氏乳桿菌處理只引起豬結腸微生物區系微生物多樣性和代謝組的細微變化，而利福平引起氨基酸水平的顯著改變。盡管這些發現需要在體內進行驗證，但考慮到腸桿菌肽對病原體的選擇性和強大的抑制活性，這項研究為考慮腸桿菌肽作為獸醫和農業應用中抗生素的可能替代品提供了第一個概念證明。
腸桿菌肽對豬腸道菌群連續培養模型的影響
Impact of microcin J25 on the porcine microbiome in a continuous culture model
由于國際市場的不斷擴大，生豬生產已成為增長最快的產業之一。2019年，豬肉是全球第二大消費肉類，占肉類總產量的32.6%。盡管如此，養豬業近年來遭受了重大損失，主要原因是細菌感染率不斷上升。沙門氏菌會引起急性疾病，導致死亡率增加和生產力下降。豬是腸道沙門氏菌的主要宿主，沙門氏菌感染與豬只的腹瀉密切相關。許多沙門氏菌血清型已被證明與豬的慢性潰瘍性結腸炎或壞死性小腸結腸炎有關。因此，在養豬場，特別是在工業化國家，控制沙門氏菌感染在很大程度上是通過使用抗生素實現的。
抗生素被廣泛應用于人類和獸醫以及家畜生產中，以治療細菌性疾病和促進動物生長。它們在養豬生產中用作生長促進劑是常見的，并對提高牲畜生產力和降低生產成本做出了重大貢獻。然而，它們的過度使用導致了多種抗藥性細菌的出現。這引起了公眾的關注，并導致幾個國家禁止在動物飼料中使用抗生素作為生長促進劑。現在迫切需要有效替代常規抗生素，以維持豬群健康和生產力。到目前為止提出的最有希望的替代品是由細菌產生的天然抗菌肽。
抗菌肽是由細菌產生的，其分子質量通常小于10 kDa。與常用的廣譜抗生素不同，抗菌肽是從mRNA翻譯而來的，其活性譜很窄，在納摩爾濃度下抑制相同或密切相關物種的菌株。抗菌肽可廣泛應用于農業食品、人類和獸醫等領域。腸桿菌肽(MccJ25)是研究最多的抑制革蘭氏陰性菌的抗菌肽之一。它具有典型的套索結構，這種高度緊湊的結構使腸桿菌肽對變性條件、高溫、極端酸堿性和某些蛋白酶具有顯著的穩定性。添加腸桿菌肽的日糧已被證明可以改善斷奶仔豬的生長性能，減輕腹瀉和全身炎癥。伴隨著大腸桿菌減少，乳桿菌和雙歧桿菌種類的增加，提高了短鏈脂肪酸(SCFA)的含量。
在本研究中，我們使用PolyFermS連續發酵模型模擬豬近端結腸，在體外評價腸桿菌肽對豬結腸微生物區系組成和代謝活性的影響。將腸桿菌肽與廣譜常規抗生素利福平、羅伊氏乳桿菌進行了比較。此外，我們通過研究這三種抗菌化合物的降解產物，探究它們對豬結腸微生物區系代謝的影響。
采用PolyFermS體外連續發酵模型，采用改良的Macfarlane培養基模擬豬近端結腸。在35天的發酵過程中，含有固定化豬糞便微生物群的第一階段反應器與兩個第二階段控制和測試反應器并行運行，測試腸桿菌肽對微生物群組成和代謝活性的影響。以天然存在于人和動物的胃腸道中的羅伊氏乳桿菌與抗生素利福平進行對比試驗。使用Illumina MiSeq技術對16S rRNA進行測序以評估微生物多樣性，并使用液-質聯用(LC-MS)和多元分析來評估細菌素/抗生素降解產物和監測豬結腸微生物區系代謝組的變化。
圖1：連續發酵實驗的實驗裝置。
(A)由一個接種反應堆和兩個試驗反應堆組成的PolyFermS模型概述。IR：固定化豬糞細菌的接種反應器(30%v/v)；TR1、TR2：試驗生物反應器；S：穩定期；T：處理期；W：洗滌期。
(B)實驗處理和樣本收集時間表。
根據PMA-qPCR分析，在加入沙門氏菌和抗菌藥物后的前12小時內，試驗反應器中特定菌群數量在總體組成上保持相對穩定。然而，利福平對總細胞和擬桿菌的數量有誘導作用，直到發酵結束，除了乳酸菌科外，這些細菌群重新生長。在發酵12小時后，單獨用沙門氏菌處理也觀察到類似的效果，特別是對乳酸菌數量的影響。相比之下，羅伊氏乳桿菌和腸桿菌肽對細菌總數沒有顯著影響。
通過對16S rRNA基因的測序，評估了受試抗菌劑對微生物區系組成的影響。沙門氏菌處理和羅伊氏乳桿菌處理組沒有檢測到微生物組成的顯著變化，這表明這些處理對24小時發酵過程中測得的總體微生物區系組成沒有影響。另一方面，與沙門氏菌相比，腸桿菌肽和利福平有顯著差異(p＝0.001)。
利用香農指數和asv聚類，通過α多樣性研究了處理對豬腸道微生物區系的影響(圖2)。結果表明，在發酵結束前的8h，利福平處理后的α多樣性顯著降低，證實了利福平對微生物區系組成具有影響。在結腸發酵結束時，沙門氏菌組α多樣性下降，但并不顯著；腸桿菌肽和羅伊氏乳桿菌處理組在發酵過程中沒有引起阿爾法多樣性的顯著變化。
圖2：用16S rRNA基因擴增序列測序法測定沙門氏菌單獨接種(Salmo)及其與腸桿菌肽（MccJ25）、羅伊氏乳桿菌(Reut)或利福平(Rifa)合用對豬腸微生物區系的影響。
通過門水平的分類分析，進一步評估了受試抗菌劑對豬腸道微生物區系組成的影響。結果表明，利福平處理導致了變形桿菌和菌門變形桿菌的相對豐度增加(圖3)。
圖3：沙門氏菌單獨接種(Salmo)及其與腸桿菌肽（MccJ25）、羅伊氏乳桿菌(Reut)或利福平(Rifa)聯合接種后，豬微生物區系基于16S rRNA基因的微生物群落結構。
此外，從8小時開始，利福平對大腸桿菌(ASV002)的相對豐度顯著增加(12小時的相對豐度超過44%)(圖4)。
圖4：沙門氏菌單獨接種(Salmo)及其與腸桿菌肽（MccJ25）、羅伊氏乳桿菌(Reut)或利福平(Rifa)聯合接種對豬腸微生物區系的影響。
這些數據表明，與其他測試的抗菌劑相比，利福平顯著影響微生物區系組成，會影響腸道微生物區系的代謝活動。
用LC-MS分析發酵液顆粒提取物，以評價腸桿菌肽、羅伊氏乳桿菌和利福平對豬結腸微生物區系代謝的影響。如圖5所示，腸桿菌肽和利福平對代謝組學的影響最大，但腸桿菌肽的作用隨著時間的推移而降低，而利福平的作用則增加(圖5B)。處理24 h后，腸桿菌肽處理組的代謝組學特征與試驗前接近。相比之下，利福平對豬結腸微生物區系代謝組有顯著影響，且隨時間延長而增加。
圖5：PolyFermS模型中豬結腸微生物區系的代謝組譜。
(A)通過LC-MS獲得的每個處理的基峰色譜圖。
(B)從LC-MS數據獲得的PCA計分圖(左：PC1與PC2，右：PC1與PC3)。
由于腸桿菌肽對病原菌的選擇性、強大的抑制活性、穩定性以及它引起的微生物區系組成的細微變化，腸桿菌肽可能被認為是養豬領域中可能的抗生素替代品。
參考文獻：Naimi S, Zirah S, Greppi A, Lacroix C, Rebuffat S, Fliss I. Impact of microcin J25 on the porcine microbiome in a continuous culture model. Front Microbiol.
